Po opuszczeniu Hispanioli zaatakował też mieszkańców Wysp Bahama biorąc kilkudziesięciu do niewoli. Alonso wrócił do Hiszpanii w czerwcu 1500 roku (lub jak sądzą niektórzy historycy wcześniej, nawet w listopadzie 1500 roku). Z 300 członków załogi przeżyło raptem 50 - pomiędzy nich rozdzielono niewielki zysk z wyprawy.
Druga wyprawa do Wenezueli Pomimo klęski pierwszej wyprawy, Hojeda zdecydował się na organizację drugiej ekspedycji do Wenezueli i uzyskał na ten cel poparcie pary królewskiej 8 czerwca 1501 roku. Alonso, za plecami Kolumba, został mianowany na gubernatora, a co za tym idzie zyskał prawo do założenia kolonii na odkrytych ziemiach. Zalecono mu jednak, aby omijał Parię. Hojeda skontaktował się z andaluzyjskimi kupcami - Juanem de Vengarą oraz Garcia de Camposem, którzy wydzierżawili mu cztery karawele.
Hojeda wyruszył w styczniu 1502 roku i płynął tą samą trasą, co podczas swojej pierwszej wyprawy. Ominął zatokę Parii, ale lądował na wyspie Margarita, gdzie za pomocą różnych metod próbował pozyskać złoto od tubylczej ludności. Płynął dalej wzdłuż wybrzeży Wenezueli aż na półwysep Paraguan. W dniu 3 maja 1502 roku założył kolonie Santa Cruz na półwyspie Guajira. Była to pierwsza osada hiszpańska na terytorium Kolumbii, a zarazem na kontynencie południowoamerykańskim.