Kolonia nie utrzymała się nawet przez trzy miesiące pod naciskiem ataków tubylczej ludności. Pojawiły się także problemy wewnętrzne w hiszpańskiej załodze - Hojeda popadł w konflikt z Vengarą i Camposem. Kupcy uwięzili go i opuścili kolonię z pewną ilością zdobytych na wyprawie łupów. Hojeda został osadzony w więzieniu i przetrzymywany tam aż do roku 1504, wypuszczony dopiero po interwencji arcybiskupa de Fonseca. Alonso został zobligowany do zapłaty dużej rekompensaty, która pozbawiła go większej części majątku. Druga wyprawa do Wenezueli zakończyła się wielką porażką.
Trzecia wyprawa do Nowej Andaluzji Po opuszczeniu więzienia, Alonso de Hojeda przebywał na Hispanioli przez cztery lata, a niektórzy historycy utrzymują, że wrócił on do Hiszpanii. W 1508 roku dowiedział się, że król Ferdynard poszukuje chętnych na przeprowadzenie akcji kolonizacyjnej na terenach między Cabo Gracias a Dios (dzisiaj na granicy Hondurasu oraz Nikaragui) a Cabo de la Vela (dzisiejsza Kolumbia). Przeciwnikiem w walce o ową godność był Diego de Nicuesa. Ponieważ obaj kandydaci mieli swoje zasługi, Ferdynard zdecydował się podzielić ów teren na dwie części: Verangue na zachodzie i Nową Andaluzję na wschodzie. Hojeda otrzymał tę drugą.