Podczas najazdu i okupacji przez wojska moskiewskie w latach 1654-1659 kościół został spalony, ale sklepienia przetrwały i uszkodzenia naprawiono. W 1753 kościół został uszkodzony podczas pożaru w konsekwencji czego dokonano poważnego remontuMateriały do dziejów sztuki sakralnej na ziemiach wschodnich Rzeczypospolitej, Część IV, Tom 4 (red. naukowa Maria Kałamajska-Saeed), Kościoły Grodna, wyd. Międzynarodowe Centrum Kultury, Kraków 2018, s.18. Kolejny pożar, poważniejszy, uszkodził kościół 8 maja 1782 roku, gdy spłonął hełm wieży, dach kościoła, zniszczone zostały dzwony. Z powodu wspomnianych zniszczeń nabożeństwa i posługi duszpasterskie przeniesiono do pobliskiego, pojezuickiego kościoła pw. św. Franciszka Ksawerego.
Po rozbiorach Rzeczypospolitej Grodno znalazło się pod okupacją rosyjską, w związku z czym władze rosyjskie przekazały w 1804 roku katolicką świątynię prawosławnym, którzy zamienili ją w sobór Mądrości Bożej (Sofijski) dokonując przebudowy w stylu klasycystycznym, zmieniając też kształt hełmu wieży. W 1826 roku dachówkę zastąpiono blachą, a na prezbiterium zbudowano klasycystyczną attykęMateriały do dziejów sztuki sakralnej na ziemiach wschodnich Rzeczypospolitej, Część IV, Tom 4 (red. naukowa Maria Kałamajska-Saeed), Kościoły Grodna, wyd. Międzynarodowe Centrum Kultury, Kraków 2018, s.20.