W latach 1850–1857 zmieniono chełm wieży i rozbudowano kaplicę Chaleckich o trzy przęsła przekształcając w pomocniczą cerkiew św. Mikołaja i niszcząc przy okazji renesansowy portal bocznego wejścia do kościołaMateriały do dziejów sztuki sakralnej na ziemiach wschodnich Rzeczypospolitej, Część IV, Tom 4 (red. naukowa Maria Kałamajska-Saeed), Kościoły Grodna, wyd. Międzynarodowe Centrum Kultury, Kraków 2018, s.36. Po pożarze świątyni w 1892 roku projekt przebudowy budynku w stylu rosyjsko-bizantyjskim wykonał Nikołaj Czagin. Przebudowa w latach 1896-1898 doprowadziła do zniszczenia większości cech świątyni XVI-wiecznejИстория Гродненской Епархии.
W 1919 roku świątynia wróciła w ręce katolików i przeznaczona na kościół garnizonowy. Pierwsza adaptacja dokonana po pożarze w 1920 roku, przywracająca wg koncepcji Wilhelma Henneberga w latach 1922-1923 częściowo dawny kształt, nie była zadowalającaMateriały do dziejów sztuki sakralnej na ziemiach wschodnich Rzeczypospolitej, Część IV, Tom 4 (red. naukowa Maria Kałamajska-Saeed), Kościoły Grodna, wyd. Międzynarodowe Centrum Kultury, Kraków 2018, s.37.