Franciszkanie, uznani za prawnych opiekunów wspomnianego miejsca, mogli przystąpić do rozpoczęcia budowy. Na wzgórku Wyglądnica (zwanym tak od miejsca skąd wyglądano bydła powracającego z pola) stanęła najpierw drewniana kaplica, dedykowana św. Antoniemu. Po pewnym czasie przeniesiono ją w inne miejsce – nad łagiewnicki staw – gdzie znajduje się do dzisiaj, obok zbudowanej w późniejszym czasie (ok. 1730 r.) kapliczki św. Rocha i św. Sebastiana.
Na miejscu kaplicy zbudowano drewniany kościół o 3 wieżach i klasztor. Nie jest do końca pewna data ukończenia budowy. Wiadomo tylko, że w październiku 1682 r., przy udziale 15 tysięcy wiernych, uroczyście wprowadzono obraz św. Antoniego do nowej świątyni. Niecały rok później, w sierpniu 1683 r., odbyła się uroczystość konsekracji świątyni.