Powstanie świątyni murowanej thumb|240px|Widok na prezbiterium i ołtarz główny pw. św. Antoniego Liczba wiernych, przybywających do antoniańskiego sanktuarium systematycznie rosła, co spowodowało, że po upływie kilkunastu lat drewniany kościół nie był już w stanie wszystkich pomieścić. Decyzja o wzniesieniu murowanego, większego kościoła okazała się koniecznością. Dotychczasowy kościół drewniany rozebrano więc, a budulec wykorzystano do postawienia w pobliżu 4 kaplic: Matki Bożej Anielskiej, Przemienienia Pańskiego, św. Walentego oraz św. Rocha. Tylko ostatnia z nich przetrwała do naszych czasów.
W czerwcu 1701 r. położono kamień węgielny pod budowę murowanego kościoła pw. św. Antoniego. Była to świątynia jednonawowa, na planie krzyża łacińskiego, z półkoliście zamkniętym prezbiterium. Pierwotnie posiadała ona dwie zakrystie (ok. 1824 r. północna zakrystia została przebudowana na kaplicę o. Rafała Chylińskiego). Cała budowa – w trudnych czasach saskich – trwała aż 23 lata. Konsekracji świątyni w dniu 16 maja 1726 r. dokonał arcybiskup gnieźnieński, prymas Teodor Potocki, któremu na pamiątkę wydarzenia na pilastrze południowego transeptu wystawiono portret z okolicznościowym napisem.