W transepcie kościoła, oprócz ołtarzy bocznych, znajdowały się też wejścia do podziemnych krypt. Wejście (dziś zamknięte) od strony północnej prowadziło do miejsc pochówku zarówno zmarłych w Łagiewnikach zakonników, jak też znakomitszych dobrodziejów klasztoru (m.in. ofiarodawcy terenu pod klasztor i kościół – Samuela Żeleskiego z małżonką). Wejście od strony południowej (otwarte) prowadzi do krypty, w której znajdowała się trumna z doczesnymi szczątkami o. Rafała Chylińskiego (po jego beatyfikacji w 1991 r. trumnę przeniesiono do kaplicy jego imienia).
Dwukondygnacyjna fasada główna kościoła zwrócona jest w kierunku zachodnim. W niższej kondygnacji frontonu umieszczono duże okno, oświetlające chór kościelny, oraz wystający balkon. Niegdyś z tego miejsca podczas większych uroczystości grywała miejscowa kapela. W wyższej kondygnacji fasady znajduje się wnęka, a w niej – polichromowana rzeźba patrona kościoła św. Antoniego z Dzieciątkiem Jezus na ręku oraz z lilią.