Biologia rozrodu w warunkach naturalnych została słabo poznana. Ciąża trwa ok. 95 dni, ale istnieją dowody na występowanie ciąży przedłużonej u tego gatunku. W miocie rodzi się zwykle 1–2, rzadziej 3 młodych. Noworodki nie widzą, nie słyszą i są w pełni zależne od opieki matki, z którą pozostają do czasu osiągnięcia dojrzałości płciowej – ok. 3 lat. Odnotowana w niewoli długość życia niedźwiedzia malajskiego wynosiła ponad 24 lata.
Podgatunki Wyróżniono dwa podgatunki niedźwiedzia malajskiego, m.in. na podstawie różnic w wielkości: Helarctos malayanus malayanus (Raffles, 1821) – podgatunek nominatywny, występuje na kontynencie azjatyckim i na Sumatrze, Helarctos malayanus euryspilus Horsfield, 1825 – występuje na Borneo.
Kwestia odrębności między podgatunkami była kwestionowana i uznawano gatunek za monotypowy. Jednak podgatunek z Borneo (H. m. euryspilus) na tyle różni się od podgatunku występującego na kontynencie azjatyckim i Sumatrze (H. m. malayanus), co gwarantuje rozróżnienie obu taksonów.