Zagrożenia i ochrona W klasyfikacji IUCN zaliczony został do kategorii gatunków narażonych na wyginięcie – VU (vulnerable). Analizy przeprowadzone przez zespół IUCN SSC Bear Specialist Group wykazały, że liczebność populacji niedźwiedzia malajskiego wykazuje trend spadkowy, ale brak jest wystarczających danych dla oceny rzeczywistego jej stanu. W edycji 2007 Czerwonej Księgi IUCN gatunek został zaliczony do kategorii DD (brak wystarczających danych).
Za dwa podstawowe zagrożenia uważa się utratę siedlisk i komercyjne polowania. Na wielu obszarach w zasięgu występowania niedźwiedzia malajskiego, szczególnie na Sumatrze i Borneo, prowadzona jest rabunkowa deforestacja. Nielegalne polowania prowadzone są w celach handlowych. Niektóre części ciała niedźwiedzia (pęcherzyk żółciowy, pazury) są stosowane w chińskiej medycynie ludowej. Zwierzęta te są też często zabijane jako szkodniki upraw lub dla sportu. Pomimo zakazu handluGatunek jest objęty konwencją waszyngtońską CITES (załącznik I) oraz oficjalnego objęcia ochroną w większości krajów, brak jest konkretnych programów ochrony, niedźwiedzie są nadal