W Arboretum w grupach ekologicznych zgromadzono kolekcje roślin wodnych i bagiennych. Na niewielkich areałach utworzono ogródki skalne. W kolekcji roślin szklarniowych gromadzone są gatunki pochodzące z różnych stref klimatycznych, w tym najliczniej z obszaru Morza Śródziemnego. W małopolskiej historycznej kolekcji jabłoni w Bolestraszycach, jak i w Cisowej zgromadzono historyczne odmiany, formy jabłoni (Malus domestica). Charakteryzują się one długowiecznością i podwyższoną odpornością na niskie temperatury i choroby. W kolekcji pomologicznej zgromadzono także licznie derenie jadalne (Cornus mas, pierwsza kolekcja derenia w PolsceNarcyz Piórecki, Polskie odmiany derenia jadalnego wyhodowane w Arboretum Bolestraszyce, w: Materiały konferencyjne. Konferencja naukowa Biologia i Ekologia Roślin Drzewiastych, Kórnik-Poznań, 21–23.10.2013, PAN/Bogucki Wydawnictwo Naukowe, Poznań, 2013, s. 218, .), czereśnię ptasią (Prunus avium) i gruszę pospolitą (Pyrus communis).