W herbarium Arboretum zebrano 24 tys. arkuszy roślin naczyniowych i porostów zgromadzonych z terenu Polski południowo-wschodniej. Prowadzona jest również dokumentacja i archiwum dotyczące założeń ogrodowych oraz pomnikowych i doborowych drzew krajowych i obcych z terenu Podkarpacia. Zgromadzono kserokopie i przerysy map katastralnych dla ponad 400 ogrodów oraz bogate archiwum fotograficzne. Wydano drukiem w trzech zwartych tytułach – Ogrody i parki Podkarpacia.
Przestrzennie największą powierzchnią Arboretum Bolestraszyce jest Oddział w Cisowej (283 ha, 380–460 m n.p.m.) położony na Pogórzu Przemyskim. Jest to rozległa polana porolna w otoczeniu lasów bukowo-jodłowych. Prowadzone są tu badania nad wtórną sukcesją leśną oraz nad ochroną różnorodności biologicznej. Zakładane są zwarte wielkopowierzchniowe nasadzenia drzew i prowadzone zajęcia edukacyjne.