Przez kilkanaście miesięcy odpoczywał w swoim domu w Santa Fe. Pod koniec roku ponownie przyjął propozycję z Mallorki, którą zdołał uratować przed spadkiem z Primera División. Na początku 2006 roku szkoleniowcowi podziękowano za współpracę.
Półtora roku później powrócił do Hiszpanii jako szkoleniowiec Realu Betis. Został zwolniony w grudniu tego samego roku; kiedy odchodził, klub zajmował przedostatnie miejsce w tabeli. Równie krótka (dziewięć kolejek) i nieefektywna (spadek z Serie A) okazała się przygoda z AC Parma.
W sierpniu 2008 roku zastąpił Niemca Klausa Toppmöllera na stanowisku selekcjonera reprezentacji Gruzji. Pod jego kierownictwem Gruzini nie wygrali w eliminacjach do Mundialu 2010 żadnego meczu i ostatecznie zajęli w tabeli ostatnie miejsce, za Bułgarią, Cyprem i Czarnogórą. W listopadzie 2009 roku Cuper został zastąpiony przez Temura Kecbaię.
Kilka dni później ogłoszono, że obejmie stanowisko trenera Arisu Saloniki. 19 stycznia 2011 roku zrezygnował z posady trenera Aris FC. Od 29 czerwca do 29 listopada 2011 był trenerem Racingu Santander. 19 grudnia 2011 podpisał kontrakt z tureckim Ordusporem.
2 marca 2015 został ogłoszony selekcjonerem reprezentacji Egiptu, z którą uczestniczył w Pucharze Narodów Afryki 2017 i Mistrzostwach Świata 2018.
W latach 2018-2019 był trenerem reprezentacji Uzbekistanu.