W latach 60. XX w., w związku ze spadkiem przewozów oraz negatywnym nastawieniem zarządu PKP do „przestarzałych kolejek” zaczęto się przymierzać do likwidacji kolei. W roku 1968 wstrzymano ruch osobowy na trasie Kobylepole – Środa Miasto, a od roku 1973 rozpoczęto rozbiórkę bocznic.
Przewozy pasażerskie przedstawiały się wówczas następująco: 1955 – 350 000 pasażerów 1971 – 324 688 pasażerów 1972 – 321 048 pasażerów 1973 – 309 733 pasażerów 1974 – 260 873 pasażerówStalowe Szlaki nr 4/2014.
Los głównej części linii przypieczętował się w roku 1976, gdy rozpoczęto rozbiórkę linii na trasie Kobylepole – Środa Miasto. Od tego czasu jedynym czynnym odcinkiem była linia Środa Miasto – Zaniemyśl, na której regularny ruch prowadzono do roku 2001, gdy PKP ostatecznie wstrzymała obsługę tej linii i rozpoczęła przymiarki do jej likwidacji.
W 1997 roku kolej przewiozła 57 899 osób i 5461 t towarów, a w 1998 roku 53 333 osoby i 4041 t towarów. W 1999 roku kolej posiadała pięć parowozów Px48 (tylko dwa sprawne) i lokomotywę spalinową Lyd1 oraz pięć wagonów osobowych. W tym roku przewiozła 50 703 osoby i 3080 t towarów. W 2002 roku odstawiono jeden z parowozów.