Ostatecznie sesyjnym basistą został Tony Choy z grupy Cynic. W lipcu nowym składzie w Morrisound Recording grupa nagrała kolejny album zatytułowany Unquestionable Presence. W ramach promocji grupa zagrała kilka lokalnych koncertów oraz wystąpiła na Tampa Bay Metal Awards, był to ostatni występ Choya, który dołączył do Pestilence. Stanowisko basisty objął Darren McFarland znany z występów w grupie Blackout.
W styczniu 1991 zespół odbył trasę koncertową w Stanach Zjednoczonych i Kanadzie poprzedzając grupę Cannibal Corpse. Z kolei wiosną odbyły się koncerty wraz z grupą Deceased. W lipcu 1992 roku grupa już nie funkcjonowała, Kelly Shaefer dołączył do formacji Neurotica, natomiast Steve Flynn powrócił na studia. Shaefer zobowiązany kontraktem opiewającym na nagranie trzeciej płyty Atheist podjął współpracę z gitarzystą Frankiem Emmi, który występował w Gentelmen Death. Do zespołu powrócił Tony Choy, który zakończył współpracę z Cynic oraz Rand Burkey. Nowym perkusistą został Josh Greenbaum, członek Aleka's Attic.