W 1993 roku w Pro-media Studios muzycy rozpoczęli nagrania nowego albumu. Realizacji płyty podjął się producent muzyczny Mark Pinske. Efektem nagrań była płyta Elements. Wydawnictwo było promowane podczas trasy koncertowej w Europie wraz z grupą Benediction. W trasie wziął udział perkusista Marcell Dissantos, który zastąpił Greenbauma zobowiązanego sesją nagraniową dla grupy River Phoenix. Występy w Europie okazały się sukcesem jednak grupa odstawała progresywną muzyką od innych death metalowych zespołów. W październiku ze względu na problemy finansowe oraz odejście Choya i Dissantosa formacja uległa rozwiązaniu.
19 lipca 2005 roku ukazała się kompilacja nagrań pt. Atheist - The Collection. W 2006 roku zespół wznowił działalność w składzie: Kelly Shaefe, Chris Baker, Sonny Carson, Steve Flynn oraz Tony Choy. W 2009 roku nakładem wytwórni muzycznej Relapse Records ukazał się pierwszy album koncertowy zespołu zatytułowany Unquestionable Presence: Live at Wacken. Tego samego roku muzycy podpisali kontrakt z wytwórnią muzyczną Season of Mist. W sierpniu 2010 roku z zespołu odszedł basista Tony Choy (przyczyną odejścia muzyka były różnice na tle artystycznym).