J. Crosland-Taylora w 1953 r. i dopracowanej przez Marva van Dilla. Prototypy cytometru przepływowego – w dużej części opartego na technice mikroskopowej – konstruowali amerykańscy badacze M. R. Melamed i L. A. Kamentsky w latach 1965–1967, które miały zautomatyzować ocenę atypowych komórek w preparatach cytologicznych z szyjki macicy. Prototypem współczesnego cytometru przepływowego był „Impulsocytophotometer” skonstruowany w Niemczech przez W. Dittricha i W. Göhde w 1969 r. Przyrząd ten służył do oceny ploidii komórek, w których DNA był wybarwiany metodą Feulgena. W 1970 r. L. A. Kamentsky opracował pierwszy komercyjny przyrząd do cytometrii przepływowej pod nazwą „Cytograph”, który wykorzystywał helowo-neonowy laser o długości fali 633 nm. Przyrząd ten umożliwiał oddzielanie żywych i martwych komórek na podstawie zdolności inkorporacji błękitu tryptanu. „Szybka spektroskopia komórek” (ang. Rapid Cell Spectroscopy) – jak nazwano tę metodę – umożliwiała szybkie oznaczanie cech leukocytów i wykreślanie z użyciem komputera odpowiednich wykresów. Wersja do pomiaru fluorescencji (z użyciem lasera argonowego o długości fali 488 nm, która wzbudzała świecenie) nazywała się „Cytofluorograph”. W tym samym roku w firmie Phywe AG z Getyngi opracowano podobny przyrząd oparty na mikroskopie fluorescencyjnym. W latach 1972–1974 L.