Thomas Helmer (ur. 21 kwietnia 1965 w Herford) – niemiecki piłkarz występujący na pozycji obrońcy. Działacz i dziennikarz sportowy.
Kariera klubowa Helmer jest wychowankiem klubu SG Bad Salzuflen. W 1984 trafił do Arminii Bielefeld z Bundesligi. W tych rozgrywkach zadebiutował 23 marca 1985 w przegranym 0:3 meczu z FC Schalke 04. W tym samym roku spadł z klubem do 2. Bundesligi. W Arminii spędził jeszcze rok.
W 1986 Helmer przeszedł do pierwszoligowej Borussii Dortmund. Pierwszy ligowy pojedynek zaliczył tam 9 sierpnia 1986 przeciwko Bayernowi Monachium (2:2). 7 listopada 1987 w zremisowanym 2:2 meczu z VfB Stuttgart strzelił 2 gole, które były jego pierwszymi w trakcie gry w Bundeslidze. W 1989 zdobył z zespołem Puchar RFN, a w 1992 wywalczył z nim wicemistrzostwo Niemiec.
W 1992 odszedł również do Bayernu Monachium, również z Bundesligi. Zadebiutował tam 15 sierpnia tego samego roku w wygranym 3:0 spotkaniu z Bayerem Uerdingen, w którym zdobył także bramkę. W Bayernie Helmer spędził 7 lat. W tym czasie zdobył z klubem Puchar UEFA (1996), 3 mistrzostwa Niemiec (1994, 1997, 1999), 2 Puchary Ligi Niemieckiej (1997, 1998) oraz Puchar Niemiec (1998). W 1999 roku wystąpił także z klubem w finale Ligi Mistrzów, gdzie Bayern uległ jednak Manchesterowi United.