W 1998 Helmer był uczestnikiem Mistrzostw Świata. Wystąpił na nich w pojedynkach z Iranem (2:0) i Meksykiem (2:1). Z tamtego turnieju Niemcy odpadli w ćwierćfinale. W latach 1990–1998 w drużynie narodowej Helmer rozegrał w sumie 68 spotkań i zdobył 5 bramek.
Sukcesy mały|240px|Thomas Helmer podczas meczu pokazowego (2012) Reprezentacyjne Wicemistrzostwo Europy: 1992 Mistrzostwo Europy: 1996
Klubowe Puchar Niemiec DFB: 1989, 1998 Mistrzostwo Niemiec: 1994, 1997, 1999 Puchar UEFA: 1996 Puchar Ligi DFB: 1997, 1998
Wyróżnienia Człowiek roku w niemieckiej piłce nożnej: 1996 (pierwszy laureat nagrody jako piłkarz)
Kariera działacza i dziennikarska 19 lipca 2011 został wybrany członkiem Rady Nadzorczej w klubie Arminia Bielefeld. Podjął pracę dziennikarską. Podczas MŚ 2002 na miejscu pracował jako reporter dla stacji Sat.1. Podczas ME 2004 i MŚ 2006 relacjonował dla kanału DSF przebieg turnieju z obozu niemieckiej reprezentacji. Obecnie pracuje jako moderator audycji w stacji Sport1.