W 1996 roku został powołany do kadry na Mistrzostwa Europy. Wystąpił na nich w spotkaniach z Czechami (2:0), Rosją (3:0), Chorwacją (2:1), Anglią (1:1, 7:6 w rzutach karnych) oraz w finale z Czechami (1:1, 2:1 po dogrywce). Niemcy zostali triumfatorami tamtego turnieju.
W 1998 roku Babbel znalazł się w kadrze na Mistrzostwa Świata. Zagrał na nich w meczach ze Stanami Zjednoczonymi (2:0) oraz z Meksykiem (2:1). Reprezentacja Niemiec tamten mundial zakończyła na ćwierćfinale.
W 2000 roku Babbel był uczestnikiem Mistrzostw Europy. Zaliczył tam 2 pojedynki: z Rumunią (1:1) oraz Anglią (0:1), a jego drużyna odpadła z turnieju po fazie grupowej.
W latach 1995–2000 w drużynie narodowej Babbel rozegrał w sumie 51 spotkań i zdobył 1 bramkę.
Kariera trenerska Po zakończeniu kariery Babbel został trenerem. Jego pierwszym klubem był VfB Stuttgart, który prowadził od 24 listopada 2008 roku. W Bundeslidze jako trener zadebiutował 30 listopada 2008 roku w wygranym 2:0 meczu z FC Schalke 04. W 2009 roku zajął z klubem 3. miejsce w Bundeslidze. W grudniu 2009 roku przestał być trenerem Stuttgartu.
Od początku sezonu 2010/2011 Babbel prowadził Herthę Berlin, w swoim pierwszym sezonie wprowadził ją do I Bundesligi. 18 grudnia 2011 roku został zwolniony.