Kontakty z centralą ruchu oporu w Warszawie mieli utrzymywać również Alfons Zaborowski i Waldemar Geringer. Śledztwo trwało do września 1940 roku.
Część więźniów wywieziono do obozów koncentracyjnych, inni zginęli w Barbarce i Olku. 91 mężczyzn i chłopców trafiło do KL Sachsenhausen, ponad 30 kobiet i dziewcząt do FKL Ravensbrück. Pobyt w Sachsenhausen przeżył Tadeusz Cieślak, jeden z pierwszych członków Batalionu, zwerbowany przez Waltera Hoppego. Z kolei Walter Hoppe został w lipcu 1940 roku zwolniony z aresztu w Forcie VIII. Przeżył wojnę, ukrywając się przed gestapo pod nazwiskiem Zbigniew Nowosielski. Zarówno Cieślak jak i Hoppe uniknęli śmierci, gdyż gestapo nie wiedziało (lub nie miało pewności), że obaj są związani z Batalionem.
Pozostałych kilkudziesięciu więźniów przewieziono na dalsze przesłuchania do Bydgoszczy. Stamtąd 9 września 1940 roku 21-osobowa grupa została przewieziona do Pawiaka, gdzie poddano ją dalszym torturom. 17 września 1940 roku Niemcy rozstrzelali w Palmirach 19 więźniów z Bydgoszczy. Wśród nich znaleźli się: lider organizacji Zygmunt Moczyński, nauczycielka z Gimnazjum Królowej Jadwigi Wanda Bukiewicz, siedemnastoletnia uczennica Jadwiga Kowalska ps. „Dziunia”, Alfons Zaborowski.