2006 W 2006 na początku roku Acasuso odpadł w I rundzie Australian Open. Podczas turnieju w Viña del Mar odniósł swoje trzecie karierowe zwycięstwo. W finale pokonał Nicolása Massú 6:4, 6:3. Zawody zakończyły się również końcowym sukcesem Acasuso w grze podwójnej, gdzie w finale razem ze Sebastiánem Prieto pokonali Františka Čermáka i Leoša Friedla. Rozgrywki w Buenos Aires zakończył na ćwierćfinale. W połowie lutego Acasuso zadebiutował w reprezentacji Argentyny w Pucharze Davisa przeciwko Szwecji w I rundzie grupy światowej. Swoje oba spotkania singlowe zakończył zwycięstwem, pokonując Thomasa Johanssona i Jonasa Björkmana.
Podczas rozgrywek ATP Masters Series w Hamburgu awansował do półfinału, pokonując po drodze finalistę z 2005 roku, Richarda Gasqueta. W spotkaniu o awans do finału uległ Radkowi Štěpánkowi. Z French Open Acasuso odpadł w II rundzie. Następnie zrezygnował ze startu w Wimbledonie. Kolejny finał turniejowy jaki rozegrał miał miejsce w Stuttgarcie, gdzie o mistrzowski tytuł zagrał z Davidem Ferrerem. Pięciosetowy zakończył się wygraną Ferrera 6:4, 3:6, 6:7(3), 7:5, 6:4.