W turnieju Masters Series w Toronto dotarł do ćwierćfinału, ponosząc porażkę z Fernando Gonzálezem. Na US Open argentyński tenisista przegrał swój mecz w I rundzie. Jesienią osiągnął ćwierćfinał imprezy w Bazylei. Na początku grudnia Acasuso wystąpił w finale Pucharu Davisa przeciwko Rosji. Rywalizacja zakończyła się porażką Argentyńczyków 2:3, a decydujący pojedynek pomiędzy Acasuso a Maratem Safinem zakończył się wygraną Safina 6:3, 3:6, 6:3, 7:6(5).
Dnia 14 sierpnia 2006 roku José Acasuso został sklasyfikowany na najwyższym miejscu w swojej karierze, jako 20. tenisista.
2007 W Australian Open Acasuso przegrał w I rundzie z Samem Querreyem. Na początku marca dotarł do ćwierćfinału w Acapulco, a pod koniec kwietnia w Casablance. Miesiąc później był w składzie Argentyny, która wygrała Drużynowy Puchar Świata, eliminując w drodze do finału Chile, Szwecję i Stany Zjednoczone. W rundzie finałowej rywalami Argentyńczyków byli Czesi. Acasuso rozegrał zwycięskie spotkanie w grze podwójnej, wspólnie z Agustínem Callerim przeciwko parze Tomáš Berdych-Martin Damm. Końcowy wynik rywalizacji to 2:1 dla tenisistów z Ameryki Południowej. Z turnieju French Open Acasuso odpadł w I rundzie.