W kolejnym sezonie Znicz dotarł do finału play-off II ligi. Rywalizację o awans przegrał z Mickiewiczem Katowice. Rok później koszykarze z Jarosławia znowu byli blisko I ligi, tym razem w finale play-off przegrali jednak z ekipą Stali Stalowa Wola (w tym okresie pierwszy zespół prowadził Mariusz Zamirski). W sezonie 2002/2003 klub przeżywał ogromne kłopoty finansowo – organizacyjne, które na szczęście zostały dość szybko opanowane. Na ławce trenerskiej znowu zasiadł Stanisław Gierczak, a celem zespołu było utrzymanie w II lidze, co udało się osiągnąć. W kolejnym roku Znicz znów liczył się w walce o awans. Ostatecznie uplasował się na 3 miejscu, między innymi dzięki temu klub otrzymał propozycję wykupienia tzw. „dzikiej karty”, gdy z powodu wycofania się Legii Warszawa w I lidze zwolniło się miejsce. W sezonie 2004/2005 pod wodzą trenera Gierczaka zespół utrzymał się w I lidze, zajmując 9 lokatę. Sezon 2005/2006 był jednym z najlepszych w historii klubu. Drużyna nie tylko bezapelacyjnie wygrała rozgrywki pierwszoligowe i awansowała na najwyższy koszykarski szczebel w Polsce, ale także nieźle radziła sobie w Pucharze Polski. Jako jedyny pierwszoligowiec dotarła do II rundy tocząc wyrównane boje z ekipami ekstraklasowymi.