Gagarina przez kilka miesięcy opanowywał technikę odłączenia statku kosmicznego od stacji, wprowadzenia go w atmosferę Ziemi oraz samego lądowania. Dzięki odbytemu przeszkoleniu jako pierwszy zagraniczny astronauta, zdobył uprawnienia dowódcy trzyosobowej wersji statku Sojuz TMA na czas operacji powrotu z orbity okołoziemskiej. 1997–1999 – na mocy porozumienia pomiędzy ESA a Bundeswehrą Reiter został oddelegowany do lotnictwa, gdzie dowodził Grupą Operacyjną myśliwców szturmowych Tornado. 1999 – w kwietniu powrócił do ESA i współpracował z zespołem tworzącym Automatyczny Statek Transportowy (ATV). Później kontynuował szkolenie w Centrum Wyszkolenia Kosmonautów w Gwiezdnym Miasteczku, podczas którego zapoznał się z rosyjskim modułem Międzynarodowej Stacji Kosmicznej. kwiecień 2001 - został wyznaczony jako pierwszy astronauta ESA do długotrwałego lotu na pokładzie Międzynarodowej Stacji Kosmicznej. styczeń – luty 2003 – w Centrum Wyszkolenia Kosmonautów im. J. Gagarina odbył staż dla dowódców statku Sojuz TMA w zakresie procedur lądowania. kwiecień 2005 – pomiędzy Rosją a Europejską Agencją Kosmiczną (ESA) podpisano umowę o długotrwałym locie Thomasa Reitera na Międzynarodowej Stacji Kosmicznej kosztem jednego miejsca w załodze, które było przewidziane dla Rosjan.