W czasach monarchii absolutnej Fryderyk III kontynuował politykę umacniania Kopenhagi jako twierdzy, szczególnie w obliczu zagrożenia szwedzkiego po tym, jak Dania utraciła Skanię i z miasta położonego w centrum kraju stała się nagle miastem na jego rubieżach. W jego czasach wzniesiono Kastellet, twierdzę obronną położoną na północ od centrum Kopenhagi. Podczas wielkiej wojny północnej, latem 1700 r., Kopenhaga przeżyła ponowne oblężenie, tym razem połączonych sił angielsko-holendersko-szwedzkich. Flota tych krajów dokonała bombardowania miasta, które jednak nie wyrządziło większych strat. Następną plagą, jaka nawiedziła duńską stolicę, była epidemia dżumy w 1711 r. Zmarła wtedy 1/3 mieszkańców.
Za panowania Chrystiana V wzniesiono nowy plac pomiędzy starym miastem i nową Kopenhagą, Kongens Nytorv, z konnym pomnikiem króla, co miało być propagandowym wyrazem potęgi monarchii absolutnej. W październiku 1728 r. doszło do wielkiego pożaru Kopenhagi, który strawił 2/5 miastaLademann, t. 15, Kopenhaga 1985, s. 201.. Przez 3 dni pożogi spłonęło 1670 domówClaus Hagen Petersen: Politikens bog om København, Politikens Forlag A/S 2004, s. 6. i przepadły tysiące skarbów kultury nagromadzonych w tej części miasta.