Odbudowa miasta po wielkim pożarze nadała mu też inny charakter: większość domów odbudowano według ówcześnie panujących prądów w architekturze: do Kopenhagi zawitał barok. W 1794 r., po kolejnym wielkim pożarze Zamku Królewskiego Christiansborg, rodzina królewska przeniosła się do Amalienborga, który dotychczas pełnił rolę rezydencji podmiejskiej. W 1795 r. stare miasto ponownie strawił pożar. Jego pastwą padło 941 domów. W kwietniu 1801 r. na redzie portu kopenhaskiego doszło do bitwy morskiej floty duńskiej z brytyjską. Pokonani Duńczycy zmuszeni zostali do rezygnacji z polityki neutralności. Brytyjska flota wróciła we wrześniu 1807 r. po tym, jak Dania stanęła po stronie Napoleona. Doszło wtedy do pierwszego w historii terrorystycznego bombardowania dzielnic zamieszkanych przez ludność cywilną. Ze szczególną zaciekłością bombardowano kościoły i dzielnice mieszkaniowe. Pożary pochłonęły 290 budynków, w tym katedrę;