ASEC Mimosas Eboué był absolwentem akademii piłkarskiej założonej przez Jeana-Marca Guillou. Akademia ta była drużyną juniorską klubu ASEC Mimosas. Był podstawowym graczem ekipy juniorskiej, a później także pierwszej drużyny. W sezonie 2001 nie zagrał ani razu. Przełom nastąpił w sezonie 2002, kiedy to piłkarz był podstawowym zawodnikiem ekipy ze stolicy kraju. W 25 meczach strzelił wówczas trzy bramki. Z racji dobrych kontaktów akademii z klubami europejskimi zawodnik we wrześniu 2002 wraz z dużą liczbą kolegów przeniósł się na testy do belgijskiego klubu KSK Beveren. Jako jeden z niewielu dostał propozycje kontraktu, którą przyjął.
KSK Beveren Eboué grał w belgijskim klubie trzy lata. Zagrał 70 spotkań w których strzelił 4 bramki. Beveren w tym czasie współpracowało z Londyńskim Arsenalem w celu rozwijania graczy. W grudniu 2004 Emmanuel wraz z Marco Né zostali wysłani na testy na wyspy brytyjskie. W rezultacie 1 stycznia 2005 Eboué został piłkarzem Arsenalu. Dzięki temu dołączył do kolegi z reprezentacji Kolo Touré.