Arsenal F.C. 220px|mały|Eboué w Arsenalu W styczniu 2005 roku podpisał kontrakt z Arsenalem Według pierwotnej koncepcji trenera tego zespołu miał on zastąpić na prawej obronie Laurena, gdy ten odejdzie z klubu. Arsenal kupił Eboué za 1,5 miliona funtówhttps://web.archive.org/web/20090529031035/http://www.contacttheplayers.com/profiles/emmanuel-eboue/24.html sekcja Current Club (en). Oficjalnie do klubu dołączył 2 stycznia. 29 stycznia zaliczył debiut w nowym zespole w meczu Pucharu Anglii przeciwko Stoke. W sezonie 2004/2005 zagrał jeszcze dwa razy w pucharze kraju. 26 lutego wchodząc z ławki rezerwowej w meczu z Southamptonem zadebiutował w Premier League. Występował jednak często w drużynie rezerw. W sezonie 2005/2006 Emmanuel rozpoczął sezon jako rezerwowy. Dnia 25 października zdobył swoją pierwszą bramkę w meczu z Sunderlandem w meczu Carling Cup wygranym przez Arsenal 3:0. W 2006 roku został powołany na Puchar Narodów Afryki, na którym z reprezentacją WKS zdobył wicemistrzostwo Afryki. Kilka dni po powrocie z turnieju, wobec kontuzji Laurena, pierwszy raz wyszedł w podstawowym składzie Arsenalu w lidze. Był to mecz przeciwko Liverpoolowi na Anfield Road. Jak się okazało kontuzja Laurena wykluczała go z gry do końca sezonu.