20 września 2008 roku Eboué zdobył swoją pierwszą bramkę dla Arsenalu w Premier League w meczu przeciwko Bolton Wanderers, który The Gunners wygrali 3:1. Nie był to jednak udany sezon dla Emmanuela. Występował niewiele, był wykorzystywany jako rezerwowy dla Theo Walcotta. Większość swoich występów w tym sezonie zaliczył w krajowych pucharach. Dnia 8 marca 2009 zdobył bramkę w meczu przeciwko Burnley FC. W dniu 14 marca 2009 po raz pierwszy zdobył dwie bramki w jednym meczu dla Arsenalu (jedna z gry, jedna z rzutu karnego). Było to w pojedynku z Blackburn, kiedy to Arsenal wygrał 4:0.
Podczas swojego ostatniego sezonu w klubie z Emirates Stadium Emmanuel był przede wszystkim rezerwowym. W związku z zaistniałą sytuacją Eboué odszedł z Arsenalu. Galatasaray 16 sierpnia 2011 roku przeszedł do tureckiego Galatasaray SK.
Kariera reprezentacyjna mały|Christiano Ronaldo i Emmanuel Eboué
Początki w reprezentacji Eboué zadebiutował w reprezentacji swojego kraju we wrześniu 2004 roku w kwalifikacjach do Mistrzostw Świata w meczu wygranym 5-0 przeciwko Sudanowihttps://web.archive.org/web/20090207132531/http://www.4thegame.com/club/arsenal-fc/player-profile/30203/emmanueleboue.html (en), wchodząc z ławki rezerwowych.