Doznał jednak ponownie kontuzji, tym razem była to kontuzja kostki, która wyeliminowała go z gry w grudniu 2006 i styczniu 2007 roku. Chciał powrócić już na mecze przeciwko Liverpoolowi w 3 rundzie FA Cup i w meczu przeciwko Manchesterowi United, jednak nie mógł zdążyć się wykurować, w związku z czym trener Arsene Wenger postanowił poczekać aż nie będzie szans na ponowny uraz. Wrócił na mecz piątej rundy FA Cup przeciwko Blackburn.
W maju 2007 Eboué podpisał długoterminowy kontrakt z Arsenalem. Niedługo później do ekipy kanonierów przyszedł Bacary Sagna. Spowodowało to, że dla Emmanuela zabrakło miejsca na prawej obronie, lecz trener Londyńskiej ekipy w związku z ofensywnym stylem gry afrykańskiego piłkarza postanowił sprawdzić go na prawej pomocy. Początkowo całkowicie sobie nie radził w nowej roli, lecz z czasem szło mu coraz lepiej. 16 grudnia 2007 roku Emmanuel w starciu z Johnem Terrym w meczu przeciwko Chelsea złamał kość śródstopia kapitanowi 'The Blues' groźnym wejściem, za co publicznie przeprosił.