Po tym meczu do końca turnieju wychodził w podstawowym składzie, a Portugalia zakończyła turniej po porażce w półfinale z późniejszym triumfatorem Francją (1-2 po złotym golu dla Francji w dogrywce).
W 2002 roku nowy selekcjoner reprezentacji Portugalii – António Oliveira powołał Conceição do kadry na Mistrzostwa Świata w Korei Południowej i Japonii. Były piłkarz Lazio był podstawowym zawodnikiem swojej drużyny – rozegrał pełne 90 minut w meczach ze Stanami Zjednoczonymi (2:3) i Koreą Południową (0:1), natomiast w pojedynku z Polską (4:0) w 69. minucie został zmieniony przez Capucho. Portugalia zajęła trzecie miejsce w rundzie grupowej i odpadła z mistrzostw. Ostatni mecz w drużynie narodowej Conceição rozegrał 6 września 2003 roku, kiedy to Portugalczycy przegrali 0:3 towarzyskie starcie z Hiszpanią.
Sukcesy Zawodnik FC Porto Mistrzostwo Portugalii: 1996/1997, 1997/1998, 2003/2004 Puchar Portugalii: 1996/1997, 1997/1998, 2003/2004 Superpuchar Portugalii: 1997 S.S.