Walczył w wojnie obronnej 1939; żołnierz Armii gen. Andersa, z którą przeszedł cały szlak bojowy.
Po wojnie pozostał przez trzy lata na emigracji, na Wyspach Brytyjskich. W Szkocji, w Glasgow, szkolił polskich żołnierzy. Najprawdopodobniej w 1947 rozkazem gen. Józefa Hallera dostał zadanie kierowania powrotem oddziałów polskich stacjonujących w Szkocji do kraju. W 1948, wiedziony tęsknotą za rodziną (żonie nie pozwolono opuścić kraju) i kuszony obłudnymi obiecankami komunistycznych władz, również wrócił do Polski. Jednakże, jako żołnierz polskich sił zbrojnych na Zachodzie, padł ofiarą stalinowskich prześladowań, także dlatego, że nie zgodził się na wstąpienie do Ludowego Wojska Polskiego. Długo nie mógł znaleźć pracy, mimo że władał kilkoma językami. Podupadł na zdrowiu. Ostatecznie dostał posadę recepcjonisty w Urzędzie Górniczym przy ul. Kościuszki. Zamieszkał w Katowicach u siostry swojej żony – nauczycielki, w oficynie przy ul. Kościuszki 27. Zmarł 9 stycznia 1958. mały|Grób Józefa Szkolnikowskiego na Cmentarzu przy ul. Sienkiewicza w Katowicach Józef był żonaty z pochodzącą ze szlachty Zofią Znamirowską, z którą doczekał się dwójki dzieci.