Dwa lata później arkady pałacu Saskiego zostały wybrane przez władze Polski jako miejsce lokalizacji Grobu Nieznanego Żołnierza, którego odsłonięcie odbyło się 2 listopada 1925 roku. W latach 1930–1937 pałac Saski był siedzibą Biura Szyfrów – w grudniu 1932 roku trzech współpracujących z nim matematyków: Marian Rejewski, Jerzy Różycki i Henryk Zygalski dokonało w murach budynku pierwszego złamania kodu niemieckiej maszyny szyfrującej Enigma. W 1938 roku należące do Tadeusza Czosnowskiego Biuro Budowlane T. Czosnowski i Ska dokonało gruntownego remontu elewacji pałacuSłownik biograficzny techników polskich tom IV s. 31–32, NOT Warszawa 1994..
W wyniku agresji niemieckiej na Polskę, po kapitulacji Warszawy we wrześniu 1939 obiekt zajął Wehrmacht. Pałac znalazł się w centrum zajmowanej przez władze okupacyjne dzielnicy rządowej, objętej niemiecką segregacją rasową. Mieściła się w nim od grudnia 1941 podlegająca w Generalnym Gubernatorstwie nadkomendantura polowa (Oberfeldkommandantur) Wehrmachtu dla dystryktu warszawskiego, sformowana wówczas na nowo jako 586 OFK na bazie komendantury miejskiej (Stadtkommandantur Warschau) po przeniesieniu 393 OFK do Białej Cerkwi i przemianowana 14 sierpnia 1943 na 225 OFK. Jako oficer Abwehry był do niej przydzielony por./kpt. Wilhelm Hosenfeld. Na czele nadkomendantury stali kolejno gen.