W 2009 w związku z otwarciem nowego terminalu na kairskim lotnisku wszystkie operacje lotnicze linii zostały przeniesione do nowego budynku – Terminalu 3. Zgodnie z zasadą „ruch pod jednym dachem” pozostali członkowie Star Alliance również się tam przenieśli. Rok później EgyptAir przeniosło swoje operacje lotnicze z portu lotniczego w Aleksandrii do nowo wybudowanego portu lotniczego Borg El Arab.
10 marca 2010 linie odebrały swój największy samolot – Boeing 777-300ER, który jest w stanie zabrać na pokład 346 pasażerów. Jest to pierwszy samolot w EgyptAir, który jest wypożyczony (od GECAS). Pozostałe maszyny są własnością Linii lotniczych. Samolot obsługiwał nowo otwarte połączenia do Londynu i Tokio od 31 października 2010. W sierpniu EgyptAir otrzymały również kolejne nowe samoloty Airbus A330-300, które od 1 września zastąpiły Boeingi 777-300ER na trasie do Londynu.
Przewoźnik jest członkiem założycielem Arabesk Airline Alliance i Arab Air Carriers Organization.
Powiązania EgyptAir Holding Company została założona w 2002.