W jej skład wchodzi siedem spółek, następne dwie weszły w skład kompanii później: EgyptAir Airlines EgyptAir Maintenance & Engineering EgyptAir Ground Services EgyptAir Cargo EgyptAir In-flight Services EgyptAir Tourism & Duty Free Shops EgyptAir Medical Services EgyptAir Supplementary Industries Company (założona w 2006 roku) EgyptAir Express (działała od czerwca 2007 do listopada 2019) Air Cairo
Dwaj przewoźnicy (EgyptAir i EgyptAir Cargo) operują pod tym samym znakiem Lotniczej Kontroli Operacyjnej (AOC), ale są zarządzane osobno i prowadzą własne rachunki zysków i strat.
Udziały Linie lotnicze mają swoje udziały w: Air Cairo (60%) Smart Aviation Company (13,33%) Air Sinai (100%) Egypt Aero Management Service (50%) LSG Sky Chefs Catering Egypt (70%) Civil Aviation Finance and Operating Leases – „CIAF-Leasing” (20%)
Linie partnerskie Poza liniami lotniczymi będącymi członkami sojuszu Star Alliance, EgyptAir podpisał współpracę z następującymi linami (stan na październik 2024): Etihad Gulf Air Kenya Airways Oman Air Royal Air Maroc