Gdy zakreślono wstępne granice obu państw, zdecydowano, że niektóre półautonomiczne regiony będą mogły zadecydować same o swoim losie, przy czym forma podjęcia decyzji nie była określona, choć arena międzynarodowa sugerowała, że powinny to być plebiscyty.
Najdłużej decyzję podejmowały 3 księstwa: Hajdarabad, Dżanagadh oraz Dżammu i Kaszmir. Pierwsze księstwo - którego władca był muzułmaninem, zaś większość populacji wyznania hinduskiego - zostało zbrojnie podbite przez Indie. Podobnie sytuacja wyglądała w Dżanagadh: ludność była głównie złożona z hinduistów, zaś sfery rządzące wyznawały islam. Tu też sprawa była dość oczywista, więc ponownie Indie zajęły to księstwo. Po przyłączeniu się obu księstw do Indii, Pakistan bardzo żywo zareagował na arenie międzynarodowej, lecz na jego protesty nie było większego odzewu. Odwrotną sytuację przedstawiał Kaszmir: tu władca był maharadżą, wyznawcą hinduizmu, zaś większa część ludności była muzułmańska. Hari Singh, maharadża rządzący w tym czasie Kaszmirem, zwlekał z decyzją, licząc prawdopodobnie na uzyskanie niepodległości, a przynajmniej częściowej autonomii. Gdy północną granicę Kaszmiru przekroczyły uzbrojone plemiona pasztuńskie, maharadża uznał to za inwazję i zgłosił się o pomoc do Indii.