W marcu 1968 wraz z całym „Paksem” popierał antyinteligencką i antysemicką nagonkę zorganizowaną przez partyjną frakcję Mieczysława Moczara.
22 stycznia 1957 został uprowadzony do taksówki i zamordowany prawdopodobnie tego samego dnia jego najstarszy syn Bohdan, piętnastoletni uczeń Liceum Św. Augustyna. Porywacze początkowo żądali od Piaseckiego okupu, ale po pięciu dniach zerwali kontakt. Zwłoki nastolatka odnaleziono 8 grudnia 1958 w piwnicy remontowanego budynku przy ul. Świerczewskiego. W styczniu 1959 Piasecki oświadczył swoim najbliższym współpracownikom, że podczas spotkania z wiceministrami spraw wewnętrznych Mieczysławem Moczarem i Antonim Alsterem zgodził się na utrzymanie kulisów zbrodni w tajemnicy dla ratowania prestiżu państwa i dla poprawy stosunków z ekipą rządzącą. Zarzut współudziału w porwaniu usłyszał we wrześniu 1959 taksówkarz żydowskiego pochodzenia, były kurier Jakuba Bermana i czynny informator milicyjny Ignacy Ekerling, który udostępnił swój samochód porywaczom i złożył fałszywe zeznania, a w kwietniu 1957 usiłował zbiec do Izraela. Zawrócony do Warszawy Ekerling kontaktował się z Adamem Kossowskim, oficerem milicji zamieszkałym pod adresem, gdzie znaleziono ciało Bohdana Piaseckiego.