Na terenie Muzeum znajdowały się m.in.: dwór Gniewosza z Dalewic, dwór opata tynieckiego, łaźnia miejska, a od początku XVII do końca XVIII w. kościół św. Michała i św. Józefa z klasztorem karmelitów bosych. Po III rozbiorze Polski Austriacy klasztor skasowali (na mocy decyzji cesarza Józefa II), w budynkach klasztornych umieszczono sąd i więzienie. Po roku 1874 i wyburzeniu kościoła wzniesiono nowy budynek sądu z kaplicą. Po roku 1956 budynek powięzienny miasto przekazało na cele kultury. Od roku 1964 stopniowo (w miarę postępu remontu) przenosiły się do niego pracownie, biblioteka, magazyny i sale wystawowe.
W przededniu 175. rocznicy powstania (2025 r.) zaplanowano zmiany w historycznej siedzibie przy ulicy Senackiej. W pierwszym etapie powiększono przestrzeń wystawienniczą poprzez adaptację dotąd nie użytkowanego poddasza. W wyniku inwestycji powierzchnia użytkowa muzeum zwiększyła się o 700 m². W zaadaptowanej powierzchni powstała nowa wystawa stała, a także nowoczesna sala konferencyjna, w której możliwe jest również prowadzenie zajęć edukacyjnych.
Wystawy thumb|Fragment ekspozycji Bogowie starożytnego Egiptu Stałe ekspozycje w gmachu głównym: