Pradzieje i średniowiecze Małopolski – na wystawie zaprezentowano różne aspekty życia dawnych mieszkańców Małopolski. Aranżacja nowej odsłony pradziejów wzbogacona jest o nowoczesne wizualizacje. Wystawa uwzględnia także potrzeby osób z niepełnosprawnościami. Najważniejsza jest jednak kontynuacja myśli merytorycznej z poprzedniej wystawy – przedstawienie najbardziej istotnych momentów w rozwoju regionu. Wybrano następujące daty i ogólnie związane z nimi „hasła”: 70.000 p.n.e. (człowiek neandertalski), 26.000 p.n.e. (Homo sapiens jako łowca mamutów), 5300 p.n.e. (ostatni myśliwi i pierwsi rolnicy), 700 p.n.e. (w czasach ciałopalenia – kultura epoki brązu), 250 p.n.e. (Celtowie w regionie), 160 n.e. (barbarzyńcy okresu wpływów rzymskich), 1000 n.e. (na progu chrześcijaństwa), 1300 n.e. (w Krakowie).
Podziemia Muzeum Archeologicznego w Krakowie – wystawa poświęcona przeszłości miejsca i budynku, w którym od lat 60. XX w. mieści się muzeum, a także ludziom, którzy byli w nim więzieni. W obrębie ekspozycji znajduje się m.in. duży fragment kamiennego muru miejskiego z przełomu XIV i XV w. oraz cela śmierci, która była miejscem kaźni w czasie okupacji niemieckiej.