Wystawy sezonowe: Dzieje Rynku krakowskiego i kościoła św. Wojciecha – wystawa zlokalizowana w podziemiach kościoła św. Wojciecha na Rynku Głównym w Krakowie. Czynna od maja do października. Garncarstwo pradziejowe to historia naczyń ceramicznych od ich pojawienia się w VI tys. przed n.e. do wieku XIII n.e. można ją zwiedzać w Lamusie przy dworze w Branicach, gdzie mieści się nowohucki oddział muzeum.
Wystawy czasowo zamknięte (od 02.04.2024 roku do ok. grudnia 2026 roku z powodu prac modernizacyjnych znacznej części zabytkowego budynku gmachu głównego Muzeum: Bogowie starożytnego Egiptu – na wystawie prezentowane są zabytki pochodzące głównie z trzech kolekcji. Pierwsza to sarkofagi z wykopalisk w el-Gamhud prowadzonych w latach 1907–1908 przez pierwszego polskiego egiptologa, Krakowianina, Tadeusza Smoleńskiego. Na drugą kolekcję składają się znaleziska pochodzące z wykopalisk Hermanna Junkera w Gizie (1913). Trzecia, to dar żołnierzy Samodzielnej Brygady Strzelców Karpackich walczących podczas II wojny światowej w Egipcie, którzy stworzyli tzw. Muzeum w plecaku. Galeria sztuki egipskiej mieści się na pierwszym piętrze budynku muzeum. Peruwiańskie zbiory Władysława Klugera – na wystawie prezentowane są naczynia z kolekcji stworzonej przez polskiego inżyniera, Władysława Klugera (1849-1884).