W 1940 Gestapo przeprowadziło liczne aresztowania w gronie kierownictwa, które rozbiły organizację. Poszczególne grupy pretendowały do reprezentowania całości i poszukiwały sposobu nawiązania współpracy z różnymi środowiskami konspiracyjnymi. 21 kwietnia 1940 r. cztery grupy konspiracyjne wywodzące się z KOP sygnowały przystąpienie do Komitetu Porozumiewawczego Organizacji Niepodległościowych – będącego próbą stworzenia wspólnej platformy działania organizacji niezależnych od ZWZ.
Po aresztowaniu Henryka Boruckiego, dowództwo nad KOP objął pełnomocnik KG ZWZ ds. scalenia KOP z ZWZ major Andrzej Rzewuski ps. „Abrek”, który dnia 15 lub 16 lutego wydał rozkaz 4/42 o wcieleniu Komendy Obrońców Polski do Armii Krajowej. Rada Główna KOP wydała decyzję o połączeniu z dniem 26 lutego 1942 KOP z ZWZ-AK oraz określiła warunki przekazania jednostek.