27 września 1942 roku grupa, która pozostała od AK niezależna, podpisała akt konsolidacyjny z organizacją Miecz i Pług i Organizacją Wojskową. Na czele Komendy Głównej nowo powstałych Zjednoczonych Organizacji Komendy Obrońców Polski, Organizacji Wojskowej i Miecza i Pługa stanął dotychczasowy komendant tego ostatniego – Anatol Słowikowski ps. „Andrzej Nieznany”. Dla aresztowanego w tym czasie Henryka Boruckiego zarezerwowano stanowisko w Komendzie Głównej. Do czasu jego objęcia uznany został za honorowego członka Komendy Zjednoczonych Organizacji. Konsolidacja z Mieczem i Pługiem okazała się nietrwała, a sam Borucki wszedł wkrótce w konflikt z jego kierownictwem. W tym czasie pojedyncze plutony KOP zasiliły nowo powstałą organizację Narodowych Sił Zbrojnych (NSZ)..
Ostatecznie kres samodzielnej działalności KOP nastąpił w kwietniu 1943 r., kiedy utworzyła ona, wspólnie z pionem wojskowym Robotniczej Partii Polskich Socjalistów, Gwardią Obrony Narodowej i Polską Ludową Akcją Niepodległościową, Polską Armię Ludową, której komendantem głównym został Henryk Borucki.