W październiku tego samego roku Mubarak został ponownie wybrany na prezydenta, uzyskując w lipcu nominację parlamentu, a następnie akceptację społeczeństwa w referendum (był jedynym kandydatem, poparło go 97,1% głosujących). W ostatnich miesiącach przed reelekcją ponownie poddał represjom organizacje islamistyczne, które jawnie występowały przeciwko panującemu systemowi, dopuszczając się m.in. zamachów terrorystycznych na lewicowych dziennikarzy, dyplomatów USA i byłego ministra obrony Hasana Abu Baszę.
Stale wygrywając zwolenników świeckiego państwa przeciwko organizacjom islamskim, jak również podsycając konflikt między muzułmanami radykalnymi i umiarkowanymi, Mubarak utrzymywał równowagę gwarantującą mu pozostanie przy władzy. W wielkie spory ideologiczne prezydent nie angażował się, a jego hasła polityczne były z założenia ogólnikowe (np. „Wielkie Przebudzenie” z 1985 czy „Rozwój, Stabilność, Demokracja” z 1987).
Druga kadencja (1987–1993)