W 1985 Mubarak ogłosił ponowne przejęcie przez państwo kontroli nad meczetami. Nie zgodził się na wzmocnienie roli szariatu w ustawodawstwie egipskim i starał się nie dopuścić do dyskryminacji Koptów. Zabraniając radykalnym muzułmanom prowadzenia otwartej agitacji, zaostrzył także cenzurę obyczajową i ograniczył aktywność organizacji feministycznych. Odmawiając zwiększenia roli religii w życiu politycznym, Mubarak krytykował niektóre partie opozycyjne za brak przywiązania do islamu, rząd finansował uroczystości religijne, a prezydencka partia wydawała pismo o profilu umiarkowanie muzułmańskim..
W 1986 został odznaczony duńskim Orderem Słonia.
Pragnąc dać dowód gotowości do dialogu nawet z radykalnymi muzułmanami, w 1987 Mubarak amnestionował kilkuset więźniów skazanych po zamachu na Anwara as-Sadata za przynależność do ekstremistycznych organizacji islamskich..
Mubarak zgodził się na zmianę ordynacji wyborczej do parlamentu, gwarantującej opozycji 48 miejsc w 448-osobowym Zgromadzeniu Narodowym. W przedterminowych wyborach w kwietniu 1987 ponownie sukces odniosła Partia Narodowo-Demokratyczna, zdobywając 346 mandatów.