Już w czerwcu 1982 relacje egipsko-izraelskie ponownie uległy pogorszeniu, gdy Mubarak negatywnie odniósł się do interwencji izraelskiej w Libanie i do stłumienia powstania palestyńskiego na terytoriach okupowanych. Odwołanie egipskiego ambasadora w Izraelu doprowadziło do zakończenia bojkotu Kairu przez pozostałe kraje arabskie, trwającego od czasu, gdy Anwar as-Sadat podpisał porozumienie z Izraelem. Tendencję tę jeszcze wzmocniła wizyta Jasira Arafata w Egipcie w grudniu 1983 (Mubarak poparł Arafata, gdy władze Syrii usiłowały doprowadzić do zmiany kierownictwa Organizacji Wyzwolenia Palestyny). Polityka Mubaraka wobec problemu palestyńskiego była jednak niekonsekwentna. W czerwcu 1982 zaprosił kierownictwo OWP, by urządziło stałą siedzibę w Kairze, po miesiącu wycofał się z tej propozycji. W listopadzie natomiast apelował do Palestyńczyków, by uznali istnienie Izraela, co również ostatecznie odwołał. Z uwagi na fakt, iż większość pomocy zagranicznej napływającej do Egiptu pochodziła z USA, prezydent podtrzymał wydaną przez poprzednika zgodę na udostępnienie Amerykanom egipskich lotnisk i innych urządzeń wojskowych oraz zgodził się na budowę bazy w Ras Banas (oficjalnie tymczasowej). Mubarak pragnął przy tym, by Egipt uchodził za państwo niezaangażowane.