W 1932 r. kościół w Nakomiadach przeszedł gruntowny remont. Dobudowano wówczas wieżę (wcześniej była wolno stojąca dzwonnica drewniana). Kościół powiększony też został o kruchtę i zakrystię. Wewnątrz kościoła przesunięto XVII-wieczny ołtarz w ten sposób, że opiera się o ścianę. Kiedyś za ołtarzem było zejście do krypty pod kościołem. Według miejscowych podań z kościelnych podziemi prowadził tunel do dawnego zameczku krzyżackiego.
Od 1980 r. kościół użytkują katolicy. Świątynia otrzymała nowego patrona – św. Józefa.
Zabytki Majątek i pałac
W Nakomiadach zawsze żyli chłopi i był majątek ziemski. Majątek początkowo był krzyżacki, później elektorski. Majątek w Nakomiadach otrzymał Jan von Hoverbeck od elektora Fryderyka Wilhelma za zasługi w oderwaniu Prus Książęcych od Korony (zachował się akt nadania majątku w języku polskim i łacińskim).
Jako miejsce budowy pałacu Hoverbeck wybrał pozostałości krzyżackiego zameczku. Z tego zamku, który według kroniki rodowej późniejszych właścicieli Nakomiad miał się nazywać Fliehburg, w istniejącym pałacu zachowała się sala gotycka i fragmenty murów w parku. Pałac ma dwie kondygnacje piwnic (dwie kondygnacje piwnic posiada także pałac w Jegławkach).
Pierwotny pałac w Nakomiadach wybudowany został w 1680 roku.