Pałac został przebudowany w latach 1704–1706 według projektu Józefa Pioli.
Rodzina Hoverbeck była właścicielem Nakomiad przez 136 lat. Od 1789 do 1945 roku właścicielami dóbr w Nakomiadach była rodzina von Redecker. Ta ostatnia rodzina ma dobrze zachowany cmentarz rodowy w pobliskim Godzikowie.
W drugiej połowie XIX w. majątek ziemski w Nakomiadach miał powierzchnię 956,13 ha, w tym 450,9 ha gruntów ornych, 230,3 łąk, 19,1 pastwisk, 266,4 lasów i 17,43 nieużytków.
Po II wojnie światowej pałac był użytkowany przez miejscowy PGR. Kiedy zlikwidowano PGR, bez właściciela pałac niszczał w zastraszającym tempie. Pałac zakupiła osoba fizyczna z Warszawy i restauruje go z pietyzmem. Można zobaczyć rekonstruowany regularny ogród warzywny.
Przy Pałacu działa także manufaktura ceramiczna (Manufaktura Pałac Nakomiady), która wytwarza repliki XVIII-wiecznych pieców kaflowych z terenu dawnych Prus Wschodnich.