Jego czwarta książka, Opowieści o mocy, zakończona jest opisem skoku Castanedy z urwiska, który był jego przejściem z ucznia na człowieka wiedzy (a zarazem skokiem z tonala w nieznane). Niektórzy pisarze twierdzili, że będzie to oznaczać koniec jego serii książek. Okazało się jednak, że Castaneda kontynuował pracę pisarską. Pomimo narastającej fali krytyki Castaneda zdołał utrzymać swoją popularność wśród czytelników. Opublikowanych zostało łącznie dwanaście jego książek oraz trzy filmy.
W 1997 Castaneda wniósł pozew przeciwko byłej żonie Margaret Runyan Castaneda. Dotyczył on książki Magiczna podróż z Carlosem Castanedą; sprawa została umorzona po śmierci Castanedy.
Castaneda zmarł prawdopodobnie 27 kwietnia 1998 roku na raka wątroby w Los Angeles. Niewiele wiadomo o jego śmierci. Nie było publicznego pogrzebu; prawdopodobnie został skremowany, a jego prochy wysłane do Meksyku.
W książce Aktywna strona nieskończoności wydanej w 1998 roku, czyli już po jego śmierci, znajduje się dedykacja dla profesora Harolda Garfinkela oraz profesora Clementa Meighana.