Gatunek wytępiony został w części swojego zasięgu, głównie w środkowej i północnej części Ameryki Centralnej. Podejrzewano również wymarcie w Rio Grande do Sul, jednak w środku lat 90. XX wieku pojawiły się doniesienia, jakoby ptaki z południowego Mata Atlântica (lasu atlantyckiego) miały migrować. W Belize między 1980 a 2000 rokiem dokonano jedynie pięciu pewnych obserwacji; w tym kraju gatunek uchodzi za krytycznie zagrożony. W 2010 odkryto tam gniazdo harpii. W sąsiedniej Gwatemali bardzo nieliczne. W Kostaryce niegdyś były to ptaki bardzo liczne, pod koniec lat 80. XX wieku według Stilesa i Skutcha mogły być już wymarłe. W latach późniejszych pojawiły się bardzo nieliczne doniesienia.
Ekologia i zachowanie Harpie wielkie zamieszkują nizinne lasy tropikalne; przeważnie odnotowywane są poniżej 800 m n.p.m., jednak jedna obserwacja w Kolumbii miała miejsce na wysokości 1600 m n.p.m. Według innego źródła spotykane są do około 2000 m n.p.m. Zamieszkują także lasy galeriowe. Zdają się móc przeżywać w izolowanych połaciach dziewiczych lasów, częściowo poddawanego wycince lasu oraz, przynajmniej tymczasowo, w zaroślach wtórnych z nielicznymi wybijającymi się ponad roślinność drzewami. Rzadko wznoszą się ponad korony drzew, nieczęsto widuje się je nad otwartymi przestrzeniami.