Zniesienie liczy 1–2 jaja; ich skorupka jest matowobiała, zwykle od gniazda pokrywają je brązowawe plamy. W przypadku, gdy złożone zostały dwa jaja, tylko jedno pisklę dożywa opierzenia. Inkubacja trwa blisko 56 dni, jedno z badanych młodych opierzyło się w pełni po 141–148 dniach życia.
Status zagrożenia IUCN od 2021 roku uznaje harpię wielką za gatunek narażony na wyginięcie (VU, Vulnerable). Wcześniej klasyfikowano ją jako gatunek bliski zagrożenia (NT, Near Threatened). Liczebność światowej populacji wstępnie szacuje się na 100–250 tysięcy dorosłych osobników. Gatunek występujący na rozległym obszarze, ale stosunkowo rozproszony, rzadki oraz powoli się mnożący, przez co jest szczególnie wrażliwy na odstrzał. Liczebność spada wskutek niszczenia jego naturalnego środowiska (wyrąb lasów), polowań, kłusownictwa i prześladowań przez ludzi. Dodatkową przyczyną śmiertelności są zderzenia z liniami elektroenergetycznymi. Pod ścisłą ochroną. Aby ocalić harpię, w Panamie uznano ją w 2002 roku za symbol tego kraju i surowo karze się kłusownictwo.